مجموعه موزه جانورشناسی با حدود ۲۵ هزار نمونه و آثار جانوری، طی سالیان متمادی به روش‌های گوناگون علمی جمع‌آوری، آماده‌سازی، حفظ و نگهداری شده‌اند. موزه متشکل دو بخش اصلی نمایشی و آرشیوی است:
1) بخش نمایشی موزه که جهت بازدید علاقه‌مندان و عموم مردم است. ۲) بخش آرشیو و موزه مرجع تحت عنوان Zoological Museum University of  Tehran  Collection   و کد  ZUTC در مجموعه بین‌المللی موزه‌های علمی جهان ثبت گردیده است. بخش مرجع نگهداری نمونه‌هایی از ذخایر گونه‌های مختلف جانوران ایران را برعهده داشته و آن‌ها را برای مطالعات سیستماتیک و تاکسونومی در دسترس پژوهشگران جانورشناسی قرار می‌دهد، بعلاوه پذیرای نمونه‌های تایپی که بر اساس آن‌ها توصیف و یا بازتوصیف نمونه‌ها صورت پذیرفته است می‌باشد و برای پژوهشگران شماره کد نمونه برای درج در مقالات علمی صادر می‌نماید.